Классы в javascript

Ты открывашкой то какой открыл?

Попробуй str.slice(0,2)

Я не знаю языка javascript, но меня интересует как ты вызываешь метод своего класса? Ты создаёшь экземпляр класса или пытаешься вызвать свой метод напрямую? Напрямую я не знаю как это в javascript осуществляется, в java например что бы метод вызвать без создания экземпляра класса следует этот метод сделать статичным, то есть пометить меткой static

Очень зря! Конечно, тот же Notepad++ - очень хороший редактор исходного кода, но когда проект разрастается до десятков файлов с хитро-мудрыми взаимосвязями между ними - тот же Notepad++ и подобные ему редакторы начинают сдавать позиции. Полноценная IDE, например, PhpStorm (или WebStorm), умеет работать с включенными файлами (в смысле она правильно реагирует на имена функций/переменных и т.д., находящихся в подключаемом файле) и вообще предоставляет уйму возможностей!.. Даже по твоей ошибке IDE покажет не просто уведомление об ошибке, как тот же Notepad++ (если он её вообще обнаружит), а и все возможные подробности о ней и рекомендации по её исправлению!..

В частности в JS я дуб-дубом, но несколько разбираюсь в программировании в общем.

Внутри класса возможно вызывать методы из другого класса, но только в том случае, если они объявлены как публичные (public)!

А к какому классу он относится?

Из описания ошибки очевидно, что метод не поддерживает работу с данными полученного типа! Хотя как-то странно, ибо substr() должен работать исключительно со строкой и в твоём примере именно строку и получает!..

class test{
substr(){
var a="abcdefghklmnop";
alert(a.substr(2,4));
}
}
var u = new test();
u.substr();

У тебя лишняя фигурная скобка.
class my_class {
constructor() {}
my_method () {
var str = "АБЦДФГ";
alert(str.substr(0,2));
}
}

new my_class().my_method();